In einem japanischen Atomreaktor kommt es zur Katastrophe. Der Premierminister muss nun entscheiden (Das Thema taucht nämlich später nachmal auf), ob der Reaktor durch eine Explosion die Stadt verstrahlt oder Kühlwasser eingepumpt wird, welches aber ins Meer fließen würde, wovor ihn die Experten aber warnen. Doch der Minister entscheided sich, das Meer mit radioaktivem Wasser zu verseuchen. Doch es passiert, die Radioaktivität weckt einen alten Bekannten.
Rückblick 1954: Atombombentests der Amerikaner finden statt. Nach der Atomexplosion fängt das Meer an einer Stelle plötzlich zu kochen an und aus dem Meer entsteigt Godzilla. Durch die Bombe erschaffen ist Godzilla noch halb verbrannt und steht zum Teil auch noch in Flammen. Er geht an Land und gönnt sich ein paar Atomwaffensnacks und verschwindet wieder im Meer.
Zurück in der Gegenwart: Godzilla, vollständig zum saurierhaften Aussehen regeneriert, bahnt sich seinen Weg durch Japan und ist nicht aufzuhalten. Das ganze wird ungeschöhnt mit Strahlenopfern und zertreten Menschen gezeigt, gerne auch richtig FSK18.
Godzilla kann zwar leicht verletzt werden aber durch seine Regenerationsfähigkeit ist er praktisch unbesiegbar. Es gelingt, zwei größere Stücke seiner Haut zu finden und an 2 Labore zu schicken. Doch bei einem Labor wird eingebrochen und die Probe gestohlen, die meisten Leute werden erschossen, nur ein paar Wissenschaftler werden entführt.
Im zweiten Labor gelingt es den Wissenschaftlern zumindest bei der Probe, die Regenerationsfähigkeit zu stoppen. Da bricht der Kontakt zur Einrichtung ab. Anscheinend greift der Zellhaufen Menschen an. Seiner Fähigkeit, sich zu regenerieren beraubt, macht das Zellwesen jagt auf Menschen und verleibt sich deren Zellen sein um immer größer zu werden.
Die Familie des Premierministers konnte nicht evakuiert werden und ist in Tokio gefangen, Godzilla kommt immer näher. Das andere Monster greift ein Stadion an, in dem evakuierte Menschen warten.
Kurz bevor Godzilla sich der Familie zu sehr nähert, stellt sich ihm das neue Monster in den Weg. Es ist ähnlich groß und sieht widerlich aus, da man teilweise noch menschliche Konturen in seiner Haut erkennt, teilweise gucken noch Gliedmaßen aus der Oberfläche hervor. Ähnlich wie bei Shin Godzilla, wo am Ende Humanoide Teile zu sehen sind.
Nach einer langen Schlacht kann Godzilla den Kampf gewinnen und ist geschwächt. Der Premierminister steht vor der Wahl, diese Chance zu nutzen und den Einsatz einer Atombombe zu erlauben oder zu warten, damit seine Familie vielleicht noch noch entkommen kann. Da er schon einmal falsch entschieden hat (siehe Anfang), erlaubt er diesmal nach langem Hin und Her die Atombombe.
Die Atomexplosion zerstört Tokio, Wolkenkratzer brechen spektakulär zusammen, alles geht in Flammen auf. Doch auch nicht evakuierte Menschen werden durch die Explosion getötet, was auch in dramatischen Bildern gezeigt wird. Schließlich schafft es auch die Familie des Ministers nicht.
Kurz vor Filmende oder nach den Credits: Tokio ist verwüstet, durch die Atomexplosion ist ein flacher Bombenkrater entstanden, Godzilla ist nicht mehr zu sehen. Doch was ist das? Sind das seine Rückenstacheln, die da aus dem Erdboden hervorschauen oder sind es nur Ruinen. Eventuell sieht man seine Stacheln auch direkt, sie fangen an zu leuchten und regenerieren sich.
Doch der Film ist noch nicht zu Ende, es geht eine Bekennerbotschaft als Video ein, in der der Angriff auf das Labor erwähnt wird: Die bis dahin geheime Terrororganisation Roter Bambus erhebt sich und hat mit den erbeuteten Godzilla-Zellen böses vor!
und könnte sogar nebenbei den verlorenen Glanz der alten Tage wieder neu erleben dürfen - und das total locker flocking unterhaltsam - nicht mehr so krampfhaft auf düster, ernst und "edgy" getrimmt ... sondern einfach nur um sich vom Zauber in eine andere Welt entführen zu lassen, wo man sich sofort wieder zu Hause fühlt und um nachher mit nem guten Gefühl wieder aus dem Saal gehen zu können ... 
